金钗石斛AP2/ERF基因家族的鉴定和表达分析

来源：江苏农业科学杂志2024年第第17期北京时间：

作者：于相丽;刘雅银;李勇慧;周晓君

单位：1.洛阳师范学院生命科学学院，河南洛阳 471022； 2.西北师范大学生命科学学院，甘肃兰州 730070

摘要：对金钗石斛AP2/ERF转录因子基因家族在全基因组上进行鉴定及生物信息学分析，为进一步阐明金钗石斛AP2/ERF转录因子的功能研究奠定理论基础。利用BLASTP比对金钗石斛蛋白，并通过在线网站NCBI CDD、InterPro和SMART进一步鉴定，共获得97个金钗石斛AP2/ERF基因，然后通过ProtParam分析金钗石斛AP2/ERF家族蛋白的理化性质、亲疏水性，使用MEGA11.0软件构建进化树，利用Map Gene Chrome、GSDS、MEME、PlantCARE在线工具分析AP2/ERF转录因子的基因定位、基因结构和保守基序，并预测基因上游的顺式作用元件，利用TBTools分析并可视化AP2/ERF基因在各部位的表达情况。结果表明，金钗石斛AP2/ERF转录因子家族的成员，大部分定位在细胞核中，相对分子质量介于2 726.88～71 682.81 u之间，氨基酸数量介于94～659个之间，等电点介于4.45～10.44之间。进化树分析显示，AP2/ERF家族成员分为AP2、RAV、ERF及DREB 4个亚家族。97条基因不均匀地分布在19条染色体上，各个亚族都有独特基序，AP2/ERF基因启动子上游区域光响应作用元件种类最多，数量也最多。大多数DnAP2s基因在根中的表达量最大，不同的居群DnAP2s基因表达有较大不同。鉴定得到97个金钗石斛AP2/ERF蛋白，DnAP2s基因在根茎叶花中表达具有差异性，地理分布导致不同居群的遗传多样性水平不同。

关键词：金钗石斛;AP2/ERF基因家族;生物信息学;表达分析