克氏原螯虾的三代转录组测序分析

来源：江苏农业科学杂志2024年第第12期北京时间：

作者：张明达;王丽媛;蔺思函;李倩倩;杜志强

单位：内蒙古科技大学生命科学与技术学院，内蒙古包头 014010

摘要：为探究在病原刺激情况下克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的转录组信息，采用PacBio平台的单分子实时测序技术(SMRT)，对使用弧菌刺激下的克氏原螯虾的血淋巴、肝胰腺、鳃、肠、淋巴器官和肌肉的混合组织样进行全长转录组测序，获得克氏原螯虾的全长转录本文库。首先，使用TRIzol法提取总RNA合成双链cDNA用于SMRTbell建库和测序，利用SMRT分析套件进行插入片段识别，Reads分类、聚类和校正，利用BUSCO单拷贝同源数据库对其进行组装的完整性评价，通过使用CD-HIT软件，将序列进行去冗余分析，最后利用公共数据库NR、NT、SwissProt、KOG、GO、Pfam及KEGG对克氏原螯虾转录本进行功能注释。全长转录组得到改良后一致序列149 213个，序列平均长度为2 213 bp。BUSCO单拷贝同源数据库完整性评价，约有95.8%完整基因元件，说明大多数保守基因组装较完整，组装结果较可靠。在NR数据库注释得到110 181条序列，分别比对到1 373个物种，其中与美洲海螯虾(Homarus americanus)基因相似的序列最多，为48 433 条。与GO数据库进行匹配，统计注释到结合和催化活性功能最多，分别为14 327和13 344个。KOG功能注释分为25个功能组分，其中，一般功能预测最多，为20 269个。KEGG注释结果发现，信号转导的代谢通路注释的基因数最多，为12 277个。本研究过程中组装并获得完整良好的序列，与功能数据库比对得出序列的功能特性，可为探究克氏原螯虾的功能基因、免疫响应和相关代谢通路等提供可靠的基因组资源。

关键词：克氏原螯虾;转录组;三代测序;功能注释