基于BSA-seq的一个苗期黄化转绿突变体基因定位

来源：江苏农业科学杂志2024年第第12期北京时间：

作者：杜灿灿;曾生元;景德道;胡庆峰;李闯;钱华飞;林添资;余波;孙立亭;周义文;杨军;韩华新;龚红兵

单位：江苏丘陵地区镇江农业科学研究所，江苏句容 212400

摘要：叶片是植物进行光合作用的重要场所，叶色突变往往制约水稻具有充足的源，研究叶色突变体对选育高光效品种以及进一步解析叶色调控的分子机制均具有重要意义。以育种中间材料苗期叶片黄化转绿突变体gry为对象，对其进行主要农艺性状分析，并对其突变性状进行遗传分析、基因定位。结果显示，该突变体3叶期前植株呈淡黄色至白色，4叶期变绿，除成熟期株高显著高于野生型以外，其他主要农艺性状均无显著差异。通过遗传分析确定该突变体的黄化转绿表型受隐性单基因控制。利用gry突变体与野生型的F2群体构建混池，通过BSA-seq的ΔSNP-index和ED 2种算法进行基因定位，结果显示gry基因被定位在2223~26.77 Mb区间内。在该区间内开发KASP标记对62个F2黄化转绿单株进行验证与连锁分析，验证gry基因在21.18~25.30 Mb区间内。基于定位区间，结合基因注释数据库与水稻基因变异数据库推测候选基因为LOC_Os03g40020，测序表明该基因在第1 768位发生单碱基T缺失，导致编码的氨基酸大量改变而产生功能变化。

关键词：苗期黄化转绿突变体;BSA-seq;ΔSNP-index算法;ED算法