硬头黄竹叶绿体基因组密码子偏好性分析

来源：江苏农业科学杂志2024年第第3期北京时间：

作者：龚明贵;白娜;李影;姜霞

单位：1.河南科技大学食品与生物工程学院，河南洛阳 471023； 2.贵州省林业科学研究院，贵州贵阳 550005； 3.贵州黎平石漠生态系统国家定位观测研究站，贵州贵阳 550005

摘要：以硬头黄竹叶绿体基因组为研究对象，使用CodonW、CUSP以及R语言等软件分析密码子偏好性形成的主要原因。结果表明：(1)硬头黄竹叶绿体基因组密码子的平均GC含量为39.59%，且GC1＞GC2＞GC3，表明密码子偏好使用以A/U结尾的碱基；(2)硬头黄竹大多数有效密码子数(ENC)在35以上，适应指数(CAI)为0.166，说明其密码子偏好性较弱；(3)中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析表明，自然选择对硬头黄竹叶绿体基因组密码子使用偏好性产生重要影响；(4)最终筛选出硬头黄竹叶绿体基因组有GCA、GCU、GAU、GGU及AAA等14个最优密码子，多数以A/U结尾。本研究结果可为硬头黄竹叶绿体基因组水平上的研究提供依据。

关键词：硬头黄竹;密码子偏好性;叶绿体基因组;最优密码子