香蕉EST-SNP标记的开发

来源：江苏农业科学杂志2019年第第21期北京时间：

作者：赵涛; 王静毅; 刘菊华; 徐碧玉; 金志强

单位：1.中国热带农业科学院热带作物生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室，海南海口 571101；2.南京农业大学园艺学院，江苏南京 210095； 3.中国热带农业科学院海口实验站/海南省香蕉遗传改良重点实验室，海南海口 570102

摘要：为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础，从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)的dbEST数据库下载46 665条香蕉EST序列，经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点，并对其所在核酸序列进行功能注释分析。通过对46 665条EST进行拼接，共得到3 490条重叠群(contigs)，在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点，从中筛选出127个候选SNP位点，其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78%、36.22%。通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因，证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大，能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析。

关键词：香蕉;EST序列;SNP位点;重叠群;转换;颠换;序列比对分析;遗传多样性

基金资助：海南省重点研发计划(编号：ZDYF2018097)；国家自然科学基金(编号：31501043)；国家现代农业产业技术体系建设专项(编号：CARS-31)；中央级公益性科研院所基本科研业务费项目(编号：1630052017018)。