锦鲤基因组数据分析及体色相关基因的筛选

来源：江苏农业科学杂志2019年第第16期北京时间：

作者：史东杰; 胡金有; 朱华; 张欣; 李荣妮; 孙砚胜

单位：1.北京市水产科学研究所暨国家淡水渔业工程技术研究中心，北京 100068； 2.农业部都市农业(北方)重点实验室，北京 100097；3.渔业生物技术北京市重点实验室，北京 100097； 4.中国农业大学，北京 100083

摘要：为了获得红白锦鲤的基因组信息，筛选与其肤色相关的基因，采用Illumina高通量测序技术对红白锦鲤皮肤组织的基因组进行测序，获得127.23 Gb clean data，Q20碱基比例在95.59%及以上，Q30碱基比例在90.81%及以上，GC含量为37.32%~42.38%，测序错误率为0.07。与鲤鱼基因组序列进行比对的结果显示，比对效率为 96.35%。研究共鉴定了1 048 576个SNPs(单核苷酸多态性)，其中3.12百万~5.40百万个SNPs位于短reads比对不到的区域，其中变异位点位于外显子区域的有579 778个SNPs。SNP位点分布于锦鲤的50条染色体上，不包含scaffold(染色体骨架)。经ANNOVAR软件进行功能注释，纯合类型的SNPs数量是574 310个，杂合类型的SNPs数量是474 265个。SNPs位于基因间的数量最多，SNPs位于基因内的外显子区域的多态性最高。通过对8个重要候选基因注释的理解，发现微管蛋白LOC109046532、LOC109049213这2个基因与色素颗粒运输有关。其中基因LOC109046532含有突变，而另1个基因LOC109049213则不含有任何突变。8个候选基因都含有外显子SNP位点，但是没有发现终止密码子突变。

关键词：基因组重测序;锦鲤;体色基因;候选基因

基金资助：北京市财政局、北京市农业农村局观赏鱼产业技术体系北京市创新团队建设专项(编号：BAIC03)；北京市农林科学院项目(编号：KJCX20170101)。