基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析

来源：江苏农业科学杂志2019年第第04期北京时间：

作者：周军永; 陆丽娟; 刘茂; 朱淑芳; 仇鹏辉; 孙其宝

单位：安徽省农业科学院园艺研究所，安徽合肥 230031

摘要：为了简单重复序列(simple sequence repeats，SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism，SNP)开发等研究，以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础，分析了转录组数据中SSR和SNP位点的分布。结果表明：转录组数据共获得了226 488条contig序列，其中有42 570条unigene在数据库中得到注释。利用鉴定简单重复序列的软件(MIcroSAtellite identification tool，MISA)进行SSR位点的搜索，共得到18 016个SSR位点，SSR位点的出现频率为0.43个/kb。SSR位点共包含164种重复基元，其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(6 942个，38.44%)，其次是AG/CT类型为主的二核苷酸重复(6 113个，33.85%)和以AAG/CTT为主的三核苷酸重复(4 242个，23.49%)，四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复基本相同。在转录组得到的unigene中共发现SNP位点163 360个，发生频率为1/254 bp，6种单核普酸变异中以Transition类型的A/G和C/T发生频率最高，分别为总数的30.80%和30.49%；其他4种Transversion类型的SNP为C/G、G/T、A/C和A/T，分别占到总数的9.83%、978%、9.78%和9.32%。其中Transition类型显著高于Transversion类型，在转换类型中A/G和C/T发生频率基本一致，但以A/G发生频率略高。

关键词：枣;转录组;SSR;SNP;特征分析

基金资助：安徽省农业科学院院长青年创新基金(编号：16B0306)；科技部科技基础性工作专项(编号：2012FY110100)；安徽省一般性转移支付科技项目“黄营灵枣新品种选育及配套技术研究与应用”“玉铃铛枣节本优质绿色生产技术研究与应用”。