青篱柴转录组数据SSR位点的生物信息学分析

来源：江苏农业科学杂志2019年第第02期北京时间：

作者：黄建敏; 李菲; 刘云静; 李彦勋; 汤晓辛

单位：1.贵州师范大学生命科学学院，贵州贵阳 550001；2.贵州省植物生理与发育调控重点实验室，贵州贵阳 550001

摘要：为探讨青篱柴转录组中简单重复序列(simple sequence repeat，简称SSR)位点信息，开发青篱柴分子标记技术，采用高通量测序技术获得青篱柴转录组原始试验数据，经过生物信息学软件Trinity拼接后，获得66 755条单基因簇(universal gene，简称unigene)。进一步采用生物信息学分析软件MISA对所有的unigene进行SSR位点数据挖掘。共计搜索出22 542个SSR位点，分布在18 972条unigene中，出现频率为33.77%，发生频率为28.42%，SSR平均长度为15 bp，平均分布频率是1/3.98 kb，在青篱柴转录组的SSR中，单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复序列为主要重复类型，分别占总SSR的47.59%、27.95%、23.45%。青篱柴转录组数据中SSR序列共包括161种重复基元类型。其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AT/AT、C/G、AGG/CTT。重复序列长度在10~144 bp之间，大多小于24 bp，大于24 bp的仅有0.22%(48个SSR位点)。另外，设计筛选得到15 425对SSR引物。综上表明青篱柴SSR位点多态性潜能较高，具有很大的可开发性。

关键词：青篱柴;转录组;SSR;重复类型;重复基元

基金资助：国家自然科学基金(编号：31560184、31300317)。