基于RAD-seq简化基因组测序的西藏黄牛遗传多样性研究

来源：江苏农业科学杂志2021年第第16期北京时间：

作者：邓兵;晋美旺杰;任增帮;次旦欧珠;达瓦罗布;杨锐;陈仕毅;邝良德

单位：1.西藏日喀则市畜牧技术推广服务中心，西藏日喀则 857000； 2.西藏日喀则市科技局，西藏日喀则 857000；3.四川省畜牧科学研究院，四川成都 610066； 4.动物遗传育种四川省重点实验室，四川成都 610066；5.四川农业大学动物遗传育种研究所，四川成都 611130

摘要：为在基因组水平研究西藏黄牛的遗传多样性，并通过选择信号分析发掘重要种质特性基因，利用RAD-seq简化基因组测序鉴定拉萨黄牛、阿沛甲咂牛、日喀则驼峰牛和樟木黄牛的SNP标记，计算群体遗传结构和遗传进化，鉴定基因组受选择区域和受选择基因。结果表明，共鉴定出1 355 274个SNP标记。阿沛甲咂牛和樟木黄牛遗传多样性最为丰富，观察杂合度分别为0.185 6、0.164 4，核苷酸多样性分别为0.202 2、0.202 6，拉萨黄牛和日喀则驼峰牛的遗传多样性相对低些。近交系数最高的为阿沛甲咂牛，而日喀则驼峰牛的近交系数最低。拉萨黄牛与日喀则驼峰牛之间的遗传分化系数最高(0.092 7)，而樟木黄牛和阿沛甲咂牛之间的遗传分化系数最低(-0.001 1)。聚类分析结果表明，日喀则驼峰牛和阿沛甲咂牛之间的亲缘关系最近，而与樟木黄牛的亲缘关系最远。通过选择信号分析，在西藏黄牛群体中检测出22个基因组区域受到选择，包含96个受选择基因。GO富集分析表明，这些受选择基因显著富集在心血管系统发育、炎症反应、细胞间连接、染色质结合等生物学通路。本研究从基因组水平揭示西藏黄牛的种质特性，为进一步开展西藏黄牛种质资源保护及利用提供了重要理论依据。

关键词：西藏黄牛;遗传多样性;简化基因组测序