早花百子莲叶绿体基因组密码子偏好性分析

来源：江苏农业科学杂志2025年第第23期北京时间：

作者：朱沛煌;陈妤;李庆魁;娄晓鸣;朱晓国;汪成忠

单位：1.苏州农业职业技术学院，江苏苏州 215008； 2.苏州市林业站，江苏苏州 215301

摘要：为研究早花百子莲叶绿体基因组密码子的使用偏好性，并为特色宿根花卉早花百子莲分子辅助育种和种质创制提供理论依据，依据早花百子莲叶绿体全基因组图谱，利用codonW、CUSP和MEGA等程序对筛选的51条基因进行密码子偏好性相关分析。结果表明，早花百子莲叶绿体基因中密码子第1、第2和第3位上碱基的GC平均含量分别为46.75%、39.60%和28.53%，差异明显；ENC-plot、ENC频数、中性绘图及PR2-plot等分析结果显示，早花百子莲叶绿体基因组密码子使用偏好的形成主要影响因素为选择压力，同时也受到突变效应的共同作用；同义密码子相对使用度(RSCU)分析表明，RSCU值高于1的密码子第3位碱基偏好使用A/U，在ΔRSCU大于0.08条件下筛选出CUU、UCA、UAU、CAU、AAU、AGA和GGA共计7个最优密码子，均以A/U结尾。综上，早花百子莲叶绿体基因组密码子偏好性较弱，其密码子偏好性形成的主要因素为选择压力。

关键词：早花百子莲;叶绿体基因组;密码子;偏好性;最优密码子;选择压力;碱基