基于全基因组重测序开发鲜食大豆通酥1号InDel分子鉴别标记

来源：江苏农业科学杂志2025年第第22期北京时间：

作者：李敏敏;何小春;张继雨;朱治佳;邱牧;赵杨;李磊;张正睿

单位：1.聊城市农业科学院，山东聊城 252000； 2.菏泽市农业科学院，山东菏泽 274000；3.黑龙江省农业科学院齐齐哈尔分院，黑龙江齐齐哈尔 161000； 4.聊城市财金能源发展有限公司，山东聊城 252000

摘要：为从全基因组序列水平解析鲜食大豆品种通酥1号的遗传构成，采用Illumina公司的NovaSeq测序平台进行全基因组测序，平均覆盖深度为27.08×，系统分析通酥1号单核苷酸多态性(SNP)、插入/缺失(InDel)、拷贝数变异(CNV)和染色体结构变异(SV)等序列变异。结果显示，在鲜食大豆品种通酥1号中共检测到1 744 120个SNP，其中73.66%的SNP位于基因间区，而在位于外显子区域的4.08%变异中，53.83%为非同义突变，可能导致2 883个基因蛋白质功能改变。鉴定出232 213个InDel变异，其中短片段(1~4 bp)变异占比明显高于长片段(≥5 bp)，可能是由于短片段变异对基因组稳定性的破坏较小，被自然选择容忍。在外显子区域的2 986个InDel变异中，约1.28%(39个)引起Glyma.02g123100等22个基因提前终止密码子，可能显著影响基因功能；约0.13%(5个)导致Glyma.15g187700等5个基因终止密码子丢失，可能通过延长蛋白翻译产生功能获得性突变。检测到8 732个CNV和5 749个SV，分别导致5 982、24 594个基因发生变异。最后基于14个InDel变异开发鉴别标记，其中标记InDel_1、InDel_8、InDel_12分别导致Glyma.02g290500、Glyma.10g103100、Glyma.16g194600基因发生序列变异，可能通过调节风味、影响细胞壁结构与质地等途径影响大豆鲜食特性。这些标记的进一步转化将提升育种效率，加速优质鲜食大豆品种的选育进程。

关键词：全基因组;重测序;鲜食大豆;InDel分子标记