怀菊转录组中SSR位点信息分析

来源：江苏农业科学杂志2020年第第11期北京时间：

作者：邢冰; 董诚明; 魏硕; 李曼; 李询

单位：1.河南中医药大学药学院，河南郑州 450046； 2.呼吸疾病河南省协同创新中心，河南郑州 450046；3. 四川大学，四川成都 610000

摘要：以转录组测序数据为基础，利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat，简称SSR)进行检测及分析，分析怀菊转录组中的SSR位点信息，并设计SSR引物，为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考。结果表明，共检测到8 553个SSR位点，它们分布在 7 369 条Unigene中，出现频率为2.83%，SSR位点的发生频率为2.44%；其中单核苷酸重复基序最多、其次为三核苷酸重复基序。怀菊转录组基序长度主要集中于 12～19 bp，多具有中等多态性。对SSR序列设计引物，共得到25 662对引物可供今后使用。总之，怀菊SSR位点类型丰富，具有良好的多态性潜力及可开发性。

关键词：怀菊;SSR;位点信息;转录组