茶条槭叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性分析

来源：江苏农业科学杂志2025年第第21期北京时间：

作者：蒋桃;黎啸啸;毕武

单位：1.湖南食品药品职业学院，湖南长沙 410208； 2.长沙医学院，湖南长沙 410219； 3.湖南省药品检验检测研究院，湖南长沙 410001

摘要：为深入探究茶条槭叶绿体基因组的特征及密码子的使用偏好，利用Codon W 1.4.2及CUSP等软件工具，对茶条槭叶绿体基因组中的50条基因编码序列的密码子进行综合分析，包括中性绘图、ENC-plot和PR2-plot。分析结果显示，茶条槭叶绿体基因组密码子3个位置(GC1、GC2、GC3)上的GC含量依次递减，具体含量分别为47.13%、39.32%、29.46%。有效密码子数(ENC)的范围介于36.20~56.97之间，其中有39个基因的ENC值>45；RSCU>1的密码子共有30种，其中1种以G/C结尾，29种以A/U结尾，说明其偏好以A和U结尾，且偏性较强。中性绘图分析显示其回归系数为0.033 8，相关性较弱；在碱基的使用频率方面，PR2-plot分析结果显示A>T、C>G，这提示茶条槭叶绿体基因组的密码子偏好性可能是由突变压力和自然选择共同作用的结果。此外，最优密码子筛选分析确定了16个最优密码子。该研究可为茶条槭物种鉴定、叶绿体基因工程和遗传多样性分析等研究提供参考依据。

关键词：茶条槭;叶绿体基因组;密码子偏好性;系统发育