铁线莲花萼转录组测序的功能注释及SSR预测分析
来源：江苏农业科学杂志2025年第第19期北京时间：
作者：刘松;梅佳琪;陆红飞;宋微
单位：江苏农林职业技术学院，江苏镇江 212400
摘要：通过对铁线莲花萼进行转录组测序，获得clean data reads 350 133 730条，Q30达94.45%，GC含量占比4474%。经从头拼接、组装和聚类后得到84 765条Unigene，序列平均长度873 bp，N50为1 433 bp。将组装得到的Unigene序列与NR、KEGG、Swiss-Port和KOG数据库进行比对，共有32 270条Unigene获得了功能注释，在NR、KEGG、Swiss-Port、KOG数据库中分别比对到31 689、30 179、20 118、17 682条Unigene。其中，在NR注释中，与植物同源性最高的为变色耧斗菜，占比27.38%；通过KEGG注释分析，共有7 069条Unigene参与了139个代谢通路，主要有次生代谢产物的生物合成途径、碳代谢、氨基酸生物合成等，在类黄酮生物合成、类胡萝卜素生物合成和花青素生物合成的代谢途径中分别有62、34、4个转录本参与。GO功能注释分析表明，有32 859条Unigene被注释到生物学过程、分子功能和细胞组分中。基于同源序列比对得到31 928条CDS，使用Transdecoder 预测得到4 507个CDS序列；SSR特征分析中共检测到6 927个位点，并对检测的SSR位点进行引物设计与筛选；预测到677个转录因子，隶属于42个转录因子家族，bHLH转录因子家族的基因最多；预测到1 683个基因被分为16个不同的R基因类别，其中KIN(718个)种类最多。通过转录组测序数据分析及功能注释，为进一步了解铁线莲花萼的生物学特性、基因功能、相关代谢途径和信号通路等提供了理论基础，为后续研究提供了参考。
关键词：铁线莲花萼;转录组测序;功能注释;SSR预测分析
