基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析

来源：江苏农业科学杂志2021年第第12期北京时间：

作者：陈双双;齐香玉;冯景;王华娣;邓衍明

单位：1. 江苏省农业科学院休闲农业研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室，江苏南京 210014；2.江苏大学生命科学学院，江苏镇江 212013

摘要：绣球花序饱满、花型多样、花色丰富，是重要的观赏植物。很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时，花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色，使其更受消费者喜爱。但绣球基因组信息缺乏，基因资源开发和分子机制研究相对滞后。利用流式细胞术和基于K-mer分析的基因组Survey技术估测绣球主栽品种“Bailer”(商品名：Endless SummerTM，中文名译为无尽夏)的基因组大小。流式细胞术分析结果表明，以豌豆(Pisum sativum L.)为对照的流式细胞术估测“Bailer”基因组大小为2.17 pg(约2.12 Gb)；Illumina HiSeq PE测序产生212.41 Gb的有效数据，K-mer 分析结果显示，修正后的基因组大小为1.96 Gb；根据K-mer分析，该基因组具有明显的杂合峰，杂合度和重复率分别为1.97%、72.80%。此外，经组装，该基因Contigs总数为7 418 139(N50为249 bp)，总读长为1.49 Gb，Scaffolds 总数为7 071 975(N50为289 bp)，总读长为1.52 Gb，GC含量为38.75%。综上所述，推测绣球“Bailer”基因组大小约为1.96～2.12 Gb，属杂合度较高的复杂基因组。结果可为绣球全基因组测序及相关研究提供了理论依据。

关键词：绣球;基因组大小;流式细胞术;K-mer分析;Survey技术