芒果炭疽病抗感品种全基因组重测序分析

来源：江苏农业科学杂志2022年第第23期北京时间：

作者：刁兴旺;吴莉君;何红;姚全胜;柳凤

单位：1.广东海洋大学滨海农业学院，广东湛江 524088； 2.中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/海南省热带园艺产品采后生理与保鲜重点实验室/农业部热带果树生物学重点实验室，广东湛江 524091

摘要：为挖掘芒果基因组上抗病性遗传信息，本研究以芒果炭疽病高抗品种金煌、高感品种爱文为材料进行全基因组重测序，分别获得5.58 Gb和4.73 Gb原始数据量，测序深度为15.01×和13.73×，基因组覆盖度分别为92.23%和92.27%。以“红象牙”品种的基因组为参考基因组，爱文和金煌分别检测到3 316 161、3 075 003个单核苷酸多态性(SNP)位点，244 686、201 520个插入缺失(InDel)位点。对2个样本间DNA水平变异基因进行KEGG、KOG、NR、SwissProt数据库注释，分别发现28 981、17 151、30 013、22 910个变异基因，其中信号转导途径、植物-病原互作代谢途径、水杨酸代谢过程及其他次级代谢物的生物合成存在变异基因。对2个样本间变异基因进行筛选发现与植物抗性相关的重要基因存在变异，其中包括RGA2、RPM1、DSC1、NBS-LRR、At4g27190等抗病蛋白基因的变异以及含 NB-ARC结构域的蛋白质、含BTB/POZ结构域和锚蛋白重复序列的NPR1蛋白基因的变异等。本研究结果在一定程度上反映了芒果抗感炭疽病品种在基因组水平的差异，可为抗病特异性分子标记开发提供基础数据，并可为芒果抗病优质品种的创制及选育提供理论依据。

关键词：芒果;全基因组重测序;单核苷酸多态性;炭疽病;变异