基于重测序的短节间番茄品系变异检测分析

来源：江苏农业科学杂志2022年第第13期北京时间：

作者：李毅丰; 姜悦畅; 孙中锋; 王帅; 唐贝贝; 师海林; 张宁; 王玉斌; 毛秀杰

单位：1.河北科技师范学院园艺科技学院，河北秦皇岛 066004；2.河北省特色园艺种质挖掘与创新利用重点实验室，河北秦皇岛 066004； 3.河北省承德市农业农村局，河北承德 067000

摘要：为揭示短节间番茄的基因变异类型及基因变异对代谢通路的影响，以短节间番茄品系CH和普通节间长度番茄品系DH进行农艺性状分析以及全基因组重测序，对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)、小片段插入和缺失(insertion-deletion，InDel)、拷贝数变异(copy number variation，CNV)及染色体结构变异(structural variation，SV)4种变异类型进行检测注释。结果表明，在2个样本中共检测到1 086 531个SNP、277 973个InDel、25 797 个CNV、33 516个SV，在代谢通路中主要集中于吲哚生物碱生物合成、二萜生物合成、莽草酸途径生物碱的生物合成中发现。以SNP以及InDel中的基因作为切入点，挖掘到3个变异基因，其在CH中的相对表达量均低于DH。研究结果明确了变异位点信息，为进一步明确调控番茄节间长度相关基因的研究奠定了基础。

关键词：番茄;节间;重测序;变异检测