团头鲂基因组微卫星特征及SSR位点开发

来源：江苏农业科学杂志2022年第第3期北京时间：

作者：张芹; 王延晖; 王冰柯; 屈长义

单位：河南省水产科学研究院，河南郑州 450044

摘要：为充分挖掘和利用团头鲂种质资源，有效开展品种间遗传多样性分析及分子育种工作，利用生物信息学方法分析团头鲂基因组数据，共检测序列 18 243 条，其中，含有 SSR位点的序列为 3 940 条，占总检测序列条数的2160%，检测出 SSR位点共 350 898 个，平均约3.1 kb 出现1个 SSR位点。其中，二核苷酸重复的位点最多，占总SSR位点的67.43%；三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复分别占14.68%、14.83%、2.89%和0.16%。350 898 个 SSR 位点中共有257种重复基序，二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基序类型占比最高的分别为AT/AT(29.46%)、AAT/ATT(8.56%)、AGAT/ATCT(4.57%)、AATAT/ATATT(0.97%)和AACCCT/AGGGTT(0.06%)。设计合成288对SSR荧光引物，有149对引物能够稳定扩增出与预期产物一致的条带，93对引物表现出多态性。综上所述，该研究发掘团头鲂基因组 SSR 位点，设计和合成 SSR 引物，验证其多态性，为团头鲂分子指纹图谱构建、种质资源的创新利用奠定了基础。

关键词：团头鲂;基因组;SSR;多态性;种质资源;遗传多样性;分子育种