沼泽红假单胞菌相似菌株间差异功能模体的筛选和分析

来源：江苏农业科学杂志2022年第第3期北京时间：

作者：杨艳北; 许晶; 马荆鄂; 冯育林; 孙勇

单位：1.江西中医药大学博士后流动站/正邦集团有限公司博士后工作站，江西南昌 330000；2.南昌师范学院生物技术研究院/江西省地方鸡种遗传改良重点实验室，江西南昌 330000； 3.南昌师范学院生命科学学院，江西南昌 330000

摘要：从功能模体水平上，探索沼泽红假单胞菌相似菌株间功能差异的机理。利用循环遍历算法和Python特有的字典数据格式，编写脚本test.py和difference analysis.py，筛选沼泽红假单胞菌CGA009和YSC3差异功能模体。沼泽红假单胞菌CGA009独有14种功能模体，功能主要集中在DNA 复制、合成、修复、重排和结构稳定；蛋白质合成；呼吸链的电子转移；细胞的增殖和分化；生长和繁殖；代谢途径的补充；离子运输；清除毒性物质甲基乙二醛。沼泽红假单胞菌CGA009独有5种功能模体，功能主要集中在重金属铜的抗性、降解生物胺、调节生物节律和光周期。沼泽红假单胞菌CGA009对紫外线和化学试剂具有抵抗能力，DNA骨架结构更稳定，生长和繁殖性能更强。沼泽红假单胞菌YSC3，对光照反应更加敏感，对重金属铜具有抵抗能力，能够降解生物胺，生存能力更强。本研究编写的Python脚本，广泛适用于细菌、真菌、动物、植物等所有物种。

关键词：沼泽红假单胞菌;功能模体;Python程序;生物信息学