基于家蚕中肠、脂肪体转录组数据的SNP/Indels位点分析

来源：江苏农业科学杂志2022年第第3期北京时间：

作者：王晖; 高妍夏; 孙志超; 王敬; 李季生; 李娜; 黄露; 贾漫丽; 谢岩

单位：承德医学院蚕业研究所/河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心，河北承德 067000

摘要：为了解家蚕转录组中SNP/Indel位点的分布及序列特征，采用转录组测序技术对2个品种彩4、东肥家蚕的中肠、脂肪体组织分别进行高通量测序，并对含有SNP/Indel位点的基因功能进行GO、KEGG注释。结果表明，家蚕中肠、脂肪体转录组数据质量合格，分别检索到10万、7万多个SNP/Indel位点。脂肪体的SNP位点数量均少于中肠；彩4、东肥脂肪体每个unigene上的平均SNP位点数量分别为5.84、5.31；中肠每个unigene上的平均SNP数量分别为769、7.31个。SNP类型中，转换均高于颠换。A/G、C/T 2种转换类型在所有SNP类型中所占比例最高，颠换类型中则是A/T占比最高。脂肪体组织的Indel位点数目都小于中肠。插入突变的数目均高于缺失突变；在插入突变和缺失突变的核苷酸类型中，单核苷酸占比最高。下游区分布的SNP/Indel位点数最多，其次是外显子与基因间隔区。含有SNP/Indel位点的unigene主要富集在与物质代谢、能量代谢紧密相关的通路。说明转录组SNP/Indel位点非常丰富，可为家蚕品种鉴定、亲缘关系鉴定、遗传育种等提供基础信息。

关键词：家蚕;转录组;单核苷酸多态性;插入缺失;分布规律