水稻基因组任意区间InDel标记开发方法

来源：江苏农业科学杂志2022年第第1期北京时间：

作者：孙玥;杨秀荣;郭彦丽;李军玲;李月娇;孙淑琴;路信;刘燕清;佟卉<;孙林静;刘静妍;张融雪;王晓静;苏京平;王胜军;赵习朴;闫双勇

单位：1.天津市农业科学院农作物研究所/天津市农作物遗传育种重点实验室，天津 300384；2.天津市农业科学院植物保护研究所，天津 300384

摘要：基于极端表型单株高通量测序的定位方法QTL-seq已成为植物QTL分析的一种主要方法。继QTL-seq分析后，对目标QTL定位区间进行分子标记开发时，由于目标区间大，所含变异位点多，特定区间的分子标记开发仍是一件较繁琐的事。为提高特定区间分子标记开发的效率，本研究建立了基于高通量测序数据基础的特定脚本程序，可简单快速地完成水稻基因组任意区间的InDel标记开发。本研究开发了来自7个不同作图群体和染色体区间的有8 bp以上片段长度差异的InDel标记708个，平均每17.6 kb有1个InDel标记；对95个标记进行试验验证，总体多态频率为63%。本研究建立的方法在水稻及其他已测序的植物重要农艺性状控制QTL的分子标记辅助育种、精细定位和图位克隆中有重要应用价值。

关键词：水稻;分子标记开发;高通量测序;QTL定位(QTL-seq);InDel标记;多态频率