金冠8-18油桃叶绿体全基因组序列特征及其系统发育

来源：江苏农业科学杂志2023年第第19期北京时间：

作者：龚意辉;谢雪阳;魏媛媛;周桂花;李丽梅;曾永贤

单位：湖南人文科技学院农业与生物技术学院，湖南娄底 417000

摘要：以金冠8-18油桃为试材，利用 Illumina NovaSeq 6000 测定金冠8-18的 DNA 序列，采用 SPAdes v3.10.1软件组装叶绿体基因组，以桃树叶绿体基因组(MZ673795.1)为参考序列，对金冠8-18叶绿体基因组序列特征及其系统发育地位进行研究。结果表明：金冠8-18叶绿体基因组长度为153 754 bp，包括大单拷贝区(LSC，85 923 bp)，小单拷贝区(SSC，19 100 bp)以及2个反向重复序列(IR，26 381 bp)，AT和GC总含量分别为63.23%、36.77%。共在金冠8-18叶绿体基因组中注释到 133 个基因，其中含编码基因(CDS)、转运RNA 基因、核糖体RNA基因、假基因数分别为84、37、8、4个。按照功能分类将基因分成 4类：光合作用相关基因共44个、自我复制相关基因共58个、其他基因共5个、未知功能基因6个，其中含1个和2个内含子的基因数分别为14、3个。共鉴定出251个 SSR 位点，包括 158个单核苷酸重复位点，93个复合核苷酸重复位点。系统发育分析表明：金冠8-18与桃树(MH169125.1)的亲缘关系最近。本研究丰富了金冠8-18遗传资源信息，为油桃品种鉴定、遗传育种和系统发育研究提供了分子依据和理论支撑。

关键词：油桃;叶绿体基因组;组装;SSR位点;系统发育