南阳黑猪肌内脂质沉积相关lncRNA鉴定和功能预测

来源：江苏农业科学杂志2023年第第12期北京时间：

作者：刘京鸽;吴结革;徐世永;陈清;马凡华;张金璧

单位：金陵科技学院动物科学与食品工程学院，江苏南京 210038

摘要：为了探讨长链非编码 RNA(Long non-coding RNA，lncRNA)在南阳黑猪肌内脂肪沉积中的重要作用，通过分析已发表的南阳黑猪高脂组和低脂组背最长肌转录组数据，通过编码潜能预测获得可能的lncRNA，结合DESeq2软件筛选出在南阳黑猪高脂组和低脂组背最长肌差异表达基因和lncRNA，并通过GO和KEGG 通路富集分析，找出与南阳黑猪肌内脂肪沉积相关的差异表达lncRNA。结果表明，通过编码潜能预测获得61个新的lncRNAs，新鉴定 lncRNAs和已知lncRNAs与编码基因相比较表现出一些典型特征，如转录本长度较短、外显子数较少。差异表达分析发现，814个编码基因和98个lncRNA在低脂和高脂组背最长肌间差异表达。差异表达的基因参与了多种与脂质代谢相关的信号通路，如甘油三脂代谢、PPAR信号通路、脂肪酸生物合成、脂肪酸降解等。联合差异表达lncRNAs的靶基因预测和差异表达基因结果分析表明，一些lncRNA可能作用于潜在的靶基因，参与脂质代谢过程，调控背最长肌脂质沉积。研究结果为进一步深入研究与猪脂质沉积相关的lncRNA生物学功能及调控机制奠定了基础，在未来育种中改善猪肉性状，促进猪的选择进程。

关键词：南阳黑猪;背最长肌;lncRNA;脂质代谢