《江苏农业科学杂志》发表论文赏析
作者:赵孟良;任延靖;刘颖
单位:青海大学,青海西宁 810016
摘要:通过对PEG-6000(聚乙二醇-6000)模拟干旱胁迫下的菊芋转录组数据进行分析处理,筛选出与响应干旱胁迫密切相关的HD-Zip转录因子,利用在线工具ExPASy-ProtParam tool、MEME 3.0、DNAMAN 9.0、MEGA X软件,对菊芋HD-Zip基因家族成员的蛋白质理化性质、保守基序、家族进化关系以及与模式植物拟南芥的系统进化关系进行系统分析,并采用qRT-PCR方法对干旱胁迫下菊芋叶片中HD-Zip基因家族成员的转录水平进行检测。结果表明,ExPASy-ProtParam tool分析显示,菊芋中HD-Zip基因的序列长度为330~1956 bp,平均序列长度为856 bp;能编码氨基酸的数量为109~651个,平均为284个;分子量为27 284.81~161 890.14 u,平均为70 269.39 u;等电点为4.94~5.30;HtHD-Zip基因含有保守的Motif基序的长度为15~50个碱基。进化分析结果显示,HD-Zip基因分为了六大类。qRT-PCR结果分析显示,在PEG-6000模拟干旱胁迫18 h时,HtHD-Zip4、HtHD-Zip7、HtHD-Zip17、HtHD-Zip23、HtHD-Zip25、HtHD-Zip26、HtHD-Zip30、HtHD-Zip34这8个基因明显受到干旱胁迫的诱导表达,其表达量显著上升;其中HtHD-Zip34表达量的涨幅最为显著,上升了11.9倍。研究结果表明,HtHD-Zip基因参与菊芋抵御干旱胁迫的过程。
关键词:菊芋;HD-Zip基因;转录因子;鉴定分析;干旱胁迫