荨麻科3种植物叶绿体基因组及密码子偏好性分析

来源：江苏农业科学杂志2025年第第12期北京时间：

作者：陶爱恩;玉旺;尹成龙;李娅波;张玥;海永林

单位：1.丽江文化旅游学院医学院，云南丽江 674100； 2.大理大学药学院，云南大理 671000

摘要：以3种荨麻科植物为材料，分析其叶绿体基因组和密码子偏好及偏好性主要影响因素。利用IlluminaHiseq平台进行测序，再将组装注释之后的序列提交到NCBI数据库。从NCBI数据库中下载得到叶绿体基因组数据后，进行中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析等多元统计分析，并在Geneious v.7.1.3中筛选剔除重复、长度小于300 bp的蛋白编码基因后，通过CodonW 1.4.2、MISA等在线软件对各蛋白质编码基因的密码子进行分析，筛选出最优密码子，判断密码子偏好性及其影响因素。结果发现，3种荨麻科植物叶绿体全基因组总长度分别为159 086、149 149、153 911 bp，相对同义密码子使用度>1密码子的分别有30、32、30个，且使用频率较大的密码子大多以A和U结尾；中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析结果表明，自然选择是影响3种荨麻科植物叶绿体基因组的密码子偏好性的主要因素。此外，根据ΔRSCU≥0.08、RSCU>1筛选得到，糯米草、艾麻、小果旋带麻分别有8、17、12个最优密码子。研究结果可为开展目的基因改造、优异种质筛选、育种等提供一定的理论基础。

关键词：荨麻科;叶绿体;基因组;密码子偏好性;同义密码子;最优密码子