基于转录组测序数据的蚕豆InDel标记开发和应用

来源：江苏农业科学杂志2025年第第8期北京时间：

作者：周瑶;周恩强;姚梦楠;赵娜;李宗迪;朱宇翔;王永强;李波;王学军;缪亚梅;汪凯华;顾春燕;魏利斌

单位：江苏沿江地区农业科学研究所经济作物研究室，江苏南通 226000

摘要：我国是全球最大的蚕豆生产国，然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G)，蚕豆基础研究进展缓慢。目前，受限于有限的蚕豆专用分子标记，我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型，充分有效评价和利用蚕豆种质资源，拟开展7份蚕豆材料的转录组测序，并对测序数据间存在的插入/缺失(InDel)位点进行特征分析。结果表明，成功挖掘出2 666个InDel位点，其中插入、缺失位点分别有841、1 825个，且单碱基的插入/缺失位点类型占比最大。此外，根据InDel位点信息，从插入/缺失碱基长度大于5 bp的序列中随机挑选25条序列进行InDel标记开发。利用开发的标记对国内141份蚕豆资源进行扩增，共筛选到有效InDel标记20对，多态性信息含量均值为0.32，平均每对标记中检测到2.85个等位基因，香农指数均值为0.62。聚类分析结果表明，江苏、浙江、湖北等省份的资源呈交叉分布，可能因为近年来各省份的蚕豆资源相互借鉴、利用，从而打破了地域限制，增加了彼此间的联系。基于转录组测序数据首次开发蚕豆InDel标记并成功将其应用于蚕豆种质资源的遗传多样性分析，不仅丰富了目前蚕豆的分子标记类型，而且对于今后蚕豆的基础研究和育种研究具有一定意义。

关键词：蚕豆;转录组;InDel;分子标记;遗传多样性