基于96K SNP芯片的谷子抽穗期性状全基因组关联分析

来源：江苏农业科学杂志2025年第第6期北京时间：

作者：王钰文;钟鑫;范晓庆;刘颖慧;赵治海;范光宇;王晓明

单位：1.河北北方学院农林科技学院，河北张家口 075000； 2.张家口市农业科学院谷子研究所，河北张家口 075000

摘要：抽穗期是衡量农作物重要性的一个关键指标，它直接影响作物对地区和季节的适应能力。了解不同谷子品种的适宜种植区域，对于农业生产和实践具有极其重要的意义。为揭示控制抽穗期性状的遗传机制，为开展理想性状标记辅助选择育种奠定基础，调查了230个样本的抽穗期叶姿、刚毛长度、刚毛颜色、护颖颜色、花药颜色、茎秆长度、茎秆粗度、伸长节间数8个抽穗期性状并进行基因组重测序，拟以水稻抽穗期相关性状为研究对象，利用R软件中GWASpoly方法对水稻抽穗前后的相关性状进行多层次的相关性研究，利用基于1-随机和正双(种群结构+血缘)的杂交 Q+K (种群结构+血缘)方法，分别构建分位数-分位数(QQ-Plot)和曼哈顿图。筛选与表型相关性显著的 单核苷酸多态性位点(SNPs)，在10 kb区间找到与表型相关的基因，并对这些SNPs进行功能注释。明确了每个性状与其具有显著关联性的染色体位置以及关联度，与抽穗期叶姿、刚毛长度、刚毛颜色、护颖颜色、花药颜色、茎秆长度、茎秆粗度、伸长节节间数关联的SNP的关键位点在9条染色体上均有分布。

关键词：谷子;全基因组关联分析;SNP;抽穗期性状;候选基因