贵州海桐叶绿体基因组特征及系统发育分析

来源：江苏农业科学杂志2025年第第3期北京时间：

作者：滕尧; 杨加文; 何选泽; 张小英; 李嘉昱; 陈彩霞; 袁茂琴; 彭熙

单位：1.贵州科学院贵州省山地资源研究所，贵州贵阳 550001； 2.贵州科学院贵州省植物园，贵州贵阳 550004

摘要：为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系，本研究基于Illumina高通量测序技术，采用生物信息学方法对序列进行组装，获得贵州海桐完整叶绿体基因组，并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基因组比对信息及系统发育关系等进行分析。结果表明，(1)贵州海桐叶绿体基因组呈典型的四分体结构，总长度为153 582 bp，其中大单拷贝区(LSC)为84 944 bp，小单拷贝区(SSC)为18 740 bp，此外还有2个长度为24 949 bp的反向重复序列区(IR)，总GC含量为38.94%。(2)注释到130个基因，其中包括85个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。(3)共检测到25 910个密码子，其中编码亮氨酸(Leu)的密码子数量最多，密码子第3位碱基有较高的A/U偏好性。(4)通过微卫星分析鉴定到44个简单重复序列(SSR)位点，且明显偏好使用A/T碱基。(5)海桐花属植物的叶绿体基因组IR/SC边界相对保守，变异主要存在于LSC。(6)系统发育分析结果显示，贵州海桐、昆明海桐(P. kunmingense)的亲缘关系最近。

关键词：贵州海桐;叶绿体基因组;结构特征;密码子偏好性;系统发育分析