白花紫金牛叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性分析

来源：江苏农业科学杂志2026年第第11期北京时间：

作者：周永鑫; 王悦云; 郎云虎; 魏升华; 叶娟; 简应权; 严福林

单位：1.贵州中医药大学药学院，贵州贵阳 550025； 2.贵州汉方药业有限公司，贵州贵阳 550000

摘要：以白花紫金牛(Ardisia merrillii)叶绿体基因组为研究对象，进行序列特征和系统发育关系分析。使用高通量测序技术进行测序，利用生物信息学相关软件完成其组装、注释和特征分析，并构建系统发育树。结果表明，白花紫金牛叶绿体全基因组的全长为156 746 bp，总GC含量为37.1%。共注释到132个基因，蛋白编码基因、tRNA基因、rRNA基因分别为87、37、8个。序列分析鉴定出60个SSR位点，主要为A/T碱基；在白花紫金牛中共检测到54个长重复序列。密码子偏好性分析显示，自然选择是影响其使用偏好性的主要因素。从白花紫金牛叶绿体基因组中共筛选出19个最佳密码子，以U结尾最多，有11个。从紫金牛属中筛选到4个高变异区域，分别为trnT-psbD、rpl32-trnL、trnL-ndhB和ndhB-trnL，具有潜在的用于分子鉴定的价值。系统发育分析显示，白花紫金牛与矮短紫金牛、虎舌红和百两金的亲缘关系较近。

关键词：白花紫金牛;叶绿体基因组;密码子偏好性;系统发育;高通量测序;生物信息学分析