用并行计算从基因表达数据构建大规模基因调控网络

来源：计算机应用研究杂志2020年第7期北京时间：

作者：郑明,周柚,卓慕瑰,

单位：1.梧州学院a.广西高校行业软件技术重点实验室;b.大数据与软件工程学院,广西梧州543000；2.吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012；

摘要：为解决大规模基因调控网络构建算法精度不高、计算时间过长的问题，提出一种从基因表达数据分析出发，并行计算和阈值限定相结合的新算法来构建大规模基因调控网络。该算法中基因间交互强度值采用条件互信息值度量，并行计算采用GPU与CPU相结合的CUDA与OpenMP架构。综合数据集的运行结果证明该算法较新的构建算法（如贝叶斯模型算法和微分方程模型算法）相比，在构建大规模基因调控网络时有更高的运算精度和更短的运行时间。

关键词：基因调控网络,大规模数据集,并行计算,阈值限定,基因表达数据,

基金资助：国家自然科学基金资助项目(61862056,61772227)；广西自然科学基金项目面上项目(2017GXNSFAA198148)；梧州学院院级项目(2017B001)；广西高校行业软件技术重点实验室项目；；