基于双重索引矩阵的蛋白质功能预测
来源：计算机应用杂志2015年第6期北京时间：
作者：孟军, 张信
单位：大连理工大学 计算机科学与技术学院, 辽宁 大连 116024
摘要：针对单一数据源预测蛋白质功能效果不佳以及蛋白质相互作用网络信息不完全等问题,提出一种多数据源融合和基于双重索引矩阵的随机游走的蛋白质功能预测(MSI-RWDIM)算法。该算法使用了蛋白质序列、基因表达和蛋白质相互作用数据预测蛋白质功能,并根据这些数据源特性构建相应的相互作用加权网络;然后融合各数据源加权网络并结合功能相关性网络构建双重索引矩阵,使用随机游走算法计算得分进而预测蛋白质功能。在酵母数据集的五折交叉验证中,MSI-RWDIM算法具有较高的准确率和较低的覆盖率,还可降低功能标签损失率。研究结果表明,MSI-RWDIM算法的总体性能优于常用的k-近邻、直推式多标签集成分类和快速同步加权方法。
关键词：多数据源融合,随机游走,双重索引矩阵,功能相关性网络,蛋白质功能预测
基金资助：国家自然科学基金资助项目(61472061)。
