一种面向蛋白质复合体检测的图聚类方法

来源：计算机研究与发展杂志2015年第8期北京时间：

作者：王杰,梁吉业,郑文萍,

摘要：蛋白质互作用(protein-proteininteraction，PPI)网络是广泛存在的一类复杂生物网络，其网络拓扑特征与功能模块分析密切相关.图聚类是对复杂网络进行分析和处理的一种重要计算方法.传统的PPI网络中蛋白质复合体检测算法通常对网络图中的对象进行硬划分，而寻找网络中的重叠簇的软聚类算法已成为当前研究热点之一.现有的软聚类算法较少关注寻找网络中具有重要生物意义的小规模非稠密簇.对此，基于网络中结点邻域给出了边关联强度的度量方法，并在此基础上提出了一种基于流模拟的PPI网络中复合体检测的图聚类(flow-simulationgraphclustering,F-GCL)算法，该算法可以在快速发现PPI网络中的重叠簇的同时找到小规模非稠密簇；同时，与MCODE(molecularcomplexdetection)，MCL(Markovclustering)，RNSC(restrictedneighborhoodsearchclustering)和CPM(cliquepercolationmethod)算法在6个酿酒酵母PPI网络上进行比较，该算法在F-measure，Accuracy，Separation方面表现了较好的性能.

关键词：流模拟, 图聚类, 软聚类, 蛋白质互作用网络, 蛋白质复合体,