基于组合模型的转录调控网络构建算法研究

来源：计算机科学与探索杂志2018年第7期北京时间：

作者：刘晓燕，张诚诚，郭茂祖，邢林林

单位：1. 哈尔滨工业大学 计算机科学与技术学院，哈尔滨 1500012. 北京建筑大学 电气与信息工程学院，北京 100044

摘要：转录调控网络一直是系统生物学和生物信息学领域的一个研究热点。构建转录调控网络为揭示细胞内的生化反应机制提供了重要的手段。目前该领域的研究存在生物数据利用不充分，基因转录调控网络构建精度低等问题，尤其是在比较大的数据集上。针对以上问题，充分利用基因表达数据、基因序列数据和基因注释数据，提出了基于深度自编码器的XGBoost和逻辑回归组合模型DAXL（combined model with XGBoost and logistic regression based on deep AutoEncoder）。最后，在拟南芥数据集上进行了实验，结果表明DAXL方法提高了转录调控网络的预测精度，并且较对比方法优势明显。

关键词：转录调控网络,深度自编码器,XGBoost,逻辑回归