DNA质量筛选算法研究

来源：计算机技术与发展杂志2015年第07期北京时间：

作者：张曦;樊晓桠;康继昌;徐然

摘要：DNA测序过程中，每个碱基具有一个质量值，其值都会与合格质量有所偏差。为了保证测序的准确性，偏差过大的碱基须淘汰，于是原来100 bp的DNA序列根据淘汰碱基的位置而缩短成若干序列片段了。最后选取其中最长的碱基片段，即DNA质量筛选。传统质量筛选算法虽然思路简单，但合格碱基过于分散。为了解决这一问题，上海生命科学院介绍了“滑窗算法"，能选取出60%以上的碱基片段，大大提高了碱基有效片段的长度。在此基础上，文中提出了“双侧变值滑窗算法"。经测试表明，文中算法能选取出70%以上的碱基片段，进一步提高了碱基片段有效长度和DNA测序的准确性。

关键词：DNA质量筛选;滑窗算法;碱基有效片段;双侧变值