面向多肽的分子对接算法性能对比研究

来源：计算机工程与应用杂志2017年第14期北京时间：

作者：罗 浩1，2，刘 宇1，2，吴思晋3

单位：1.大连理工大学 软件学院，辽宁 大连 116024 ；2.大连理工大学 IT服务工程与管理研究所，辽宁 大连 116024；3.大连理工大学 生命科学与技术学院，辽宁 大连 116024

摘要：蛋白质-多肽间相互作用是计算生物学中的热门方向，对其结合的精确预测对于了解体内复杂的信号通路以及蛋白质功能，及进一步进行药物设计有着至关重要的作用。蛋白质-多肽对接方法能够有效地模拟蛋白质-多肽间相互作用，其对接性能直接决定模拟实验的准确性和成功与否。针对当前主要的蛋白质-多肽对接方法，综合测试了其算法性能；同时将本实验室开发的基于全信息粒子群算法的分子对接工具FIPSDock（Fully-Informed-Particle-Swarm-Dock）延伸到蛋白质-多肽对接领域，并评估其性能。利用标准蛋白质-多肽对接数据集（peptiDB）的21个测试例及13个定制测试例进行性能测试，主要对比分析了各算法的成功率和对接精度。结果表明FIPSDock可用于蛋白质-多肽对接，并相对于其他对接算法展示出优异的性能。

关键词：多肽对接,蛋白质-多肽间相互作用,结合位点预测,对接优化