快速的致病基因分析方法

来源：计算机工程与应用杂志2017年第17期北京时间：

作者：孙志伟，单渊博，蔡润身，王 林

单位：天津科技大学 计算机科学与信息工程学院，天津 300222

摘要：目前通过IBD定位研究致病基因首先需要检测IBD片段，然后利用得到的IBD关系进行关联检测来定位致病基因，但是寻找IBD片段需要较长时间。提出了一种新的算法FADG，通过分析IBS和IBD的关系找出候选IBD片段，然后定义评价函数分别对病例组和对照组进行分析，差异最大的SNP位点就是致病位点。通过对GAW15提供的类风湿关节炎模拟数据的五个主要的致病位点和GS生成的模拟数据进行分析，实验结果与数据给定的致病位点一致；与已有的方法进行对比表明该算法在能找到正确位点的基础上效率较高；最后选择了RA数据中两条染色体分别进行permutation测试，验证算法得到致病位点的可信度，进一步排除所得结果假阳性的可能性。

关键词：全基因组关联研究,状态一致（IBS）,同源一致（IBD）,病例对照研究,单核苷酸多态性