PPI网络比对用于植物乳杆菌的糖代谢研究

来源：计算机工程与应用杂志2018年第6期北京时间：

作者：苗孟君1，丁彦蕊2

单位：1.江南大学 物联网工程学院，江苏 无锡 214122；2.江南大学 数字媒体学院，江苏 无锡 214122

摘要：蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI网络）比对是预测蛋白质相互作用，分析不同物种之间功能差异的重要手段。为研究植物乳杆菌WCFS1和JDM1糖代谢功能模块差异，采用Evolutionary Graph Edit Distance Algorithm算法对两者的糖酵解、戊糖磷酸途径、柠檬酸循环三个模块PPI网络进行比对。实验表明，两者的三个模块边正确性分别达到93.6%、96%、100%，表明其拓扑结构极其相似，戊糖磷酸途径中，WCFS1存在蛋白质2-keto-3-deoxygluconate kinase（kdgK），但JDM1中没有kdgK，却有其产物2-keto-3-deoxy-6-phospho-gluconate aldolase（JDM1_0578）。糖酵解模块中，推测蛋白质pyruvate dehydrogenase complex，E2 component（pdhC）与pyruvate kinase（pyk）具有相互作用。实验表明，PPI网络比对可以阐明两者糖代谢PPI网络的拓扑相似性及模块差异，预测蛋白质之间的相互作用。

关键词：PPI网络比对,植物乳杆菌WCFS1和JDM1,糖代谢功能模块