改进CKSAAP结合RFE算法预测蛋白质棕榈酰化位点

来源：计算机工程与应用杂志2019年第5期北京时间：

作者：汤亚东1，谢 鹭2，陈兰明1

单位：1.上海海洋大学 食品科学与技术学院，上海 201306；2.上海生物信息技术研究中心，上海 201203

摘要：蛋白质棕榈酰化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰，在蛋白质稳定性和亚细胞定位等方面发挥重要作用。构建了一种预测蛋白质棕榈酰化位点的新模型（PSSM-CKSAAP-RFE）。采用蕴含进化信息的[k]-spaced氨基酸对组分方法表征蛋白质序列，通过递归特征消除法进行特征选择；基于上述特征训练支持向量机分类器，并采用夹克刀交叉验证法测试模型性能。研究结果显示，训练集和独立测试集的预测准确率、马修斯相关系数、特异性、敏感性和受试者工作特征曲线下面积分别为98.44%、0.94、98.95%、95.65%和0.990，以及98.41%、0.93、99.39%、92.31%和0.994，优于文献中报道的相关方法，为蛋白质棕榈酰化位点的预测提供了一种新模型。

关键词：蛋白质棕榈酰化位点,[k]-spaced氨基酸对组分,位置特异性得分矩阵,支持向量机,递归特征消除