基于网络表示学习的miRNA功能相似性研究

来源：计算机工程杂志2019年第2期北京时间：

作者：阮璐,熊赟

单位：复旦大学 计算机科学技术学院,上海 201203

摘要：miRNA是一类重要的非编码小RNA分子,与癌症等疾病有密切的关系。目前研究者已经识别大量miRNA,但是多数miRNA的功能仍然未知。为此,提出一种网络表示学习的miRNA功能相似性计算方法。通过miRNA的相关数据集如目标基因和关联疾病可以有效地计算miRNA的功能相似性,从而预测疾病相关的候选miRNA。利用不同类型生物数据集构建miRNA相关多源网络,采用网络表示学习的方式为网络中的每一个miRNA节点学习一个特征向量,进而使用特征向量来衡量miRNA的相似性。实验结果表明,与DeepWalk方法相比,该方法在同一家族的miRNA中能够取得较高的得分,并且可以在已有的数据库中找到疾病候选miRNA验证记录。

关键词：功能相似性,网络表示学习,网络嵌入,多源网络,特征向量

基金资助：国家高技术研究发展计划(2015AA020105-10);上海市科委基金(16JC1400800,17511105502)