《济南大学学报·自然科学版杂志》发表论文赏析
作者:刘力,黄俊鹏,陈孟临,程晓茜,张秀君,何文兴
摘要:为了揭示淡紫紫孢菌丝氨酸蛋白酶PRB1在感染线虫过程中的功能及关键氨基酸残基,利用生物信息学方法对PRB1进行系统鉴定与催化机制分析,预测保守结构域,构建蛋白质结构模型,定位活性位点,解析底物-酶相互作用。结果表明:PRB1具有枯草杆菌丝氨酸蛋白酶所特有的Inhibitor I9及Peptidase S8保守结构域;催化三联体由Asp202、 His23和Ser400组成;结构中存在2个二硫键Cys157-Cys465、 Cys341-Cys372,对结构的稳定性具有重要作用。在PRB1的三维结构中,Gly445、 Pro451、 Ala452位点与底物分子形成氢键相互作用,Ile450、 Pro455位点与底物形成烷基相互作用,成为PRB1的关键氨基酸残基,是淡紫紫孢菌丝氨酸蛋白酶的理性设计的理论靶点。
关键词:淡紫紫孢菌;丝氨酸蛋白酶;生物信息学;保守结构域
基金资助:国家自然科学基金项目(32400065);; 济南大学新引进人才科研项目(16010089042)