基于周期3临近特征的外显子预测方法

来源：计量学报杂志2017年第6期北京时间：

作者：陈功,刘晨晨,朱锡芳,倪一,许清泉,窦晓鸣

单位：1. 常州工学院, 江苏 常州 213022; 2. 华东理工大学, 上海 200237;

摘要：为提高基因编码序列(外显子)的预测精度,提出了一种周期3临近特征外显子预测方法。分别提取外显子和内含子的周期3临近功率谱聚类特征值作为模板特征,将未知外显子和内含子区间的DNA序列分帧移动,依此提取每帧特征并与模板特征实现不同权重的欧氏距离的识别预测。通过改变基因序列不同特征值、特征值数、帧长、权重,将该算法与周期3功率谱特征预测法比较,实验结果表明,特定参数条件下该算法的预测精度优于周期3预测法。

关键词：计量学; 外显子; 周期3; 权重; 欧氏距离

基金资助：国家自然科学基金(21305089);江苏高校品牌专业建设工程资助项目(PPZY2015B129);江苏省电气工程及其自动化品牌专业建设一期工程项目;江苏省"电气工程"省重点建设学科项目;江苏省高校"特种电机研究与应用"重点建设实验室项目;江苏省青蓝工程优秀青年骨干教师人才计划(2017年)