虾源肌球蛋白抗原表位的计算机辅助计算

来源：吉林大学学报·理学版杂志2024年第5期北京时间：

作者：时月明, 张哲, 刘剑兰, 刘明皓

单位：1. 中国医科大学 附属第四医院， 沈阳 110032； 2. 中国医科大学 医学人文学院， 沈阳 110122；3. 吉林大学 生命科学学院， 长春 130012

摘要：利用在线软件和线下软件对来源于刀额新对虾（Metapenaeus ensis）的过敏原Met e1的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位进行预测、 筛选以及辅助计算. 首先， 通过uniprot蛋白数据库获取Met e1蛋白质氨基酸序列； 其次， 用ExPASY ProtParam， SignalP-5.0 Server和TMHMM Server v.2.0 在线工具对Met e1的理化性质、 信号肽与跨膜区域进行分析， 用PSIPRED在线工具、 SOPMA在线工具和DNAstar软件联合预测计算Met e1二级结构， 用Swiss model 在线软件预测计算Met e1三级结构； 再次， 用DNAStar线下软件和IEDB在线软件综合预测计算线性B细胞表位，用IEDB在线软件预测计算CD4+T细胞表位和CD8+T细胞表位； 最后将所得结果进行B细胞表位和T细胞表的筛选. 结果表明：Met e1蛋白的B细胞表位为15~28， 45~49， 92~95， 125~130， 150~153，255~258位氨基酸；T细胞表位为78~84， 223~232位氨基酸.

关键词：Mete1蛋白质, ,B细胞表位,T细胞表位,抗原表位筛选