成年商品猪肠道可培养核心菌群的结构与组成分析

来源：家畜生态学报杂志2022年第10期北京时间：

作者：田野,蔡淳理,杨大容,李慧,刘宝生

单位：1. 江西农业大学 动物科学技术学院，江西 南昌 330045；2. 四川农业大学 动物医学院，四川 成都 611130；3. 江西农业大学 兽药研究所，江西 南昌 330045

摘要：为探明成年商品猪肠道可培养核心菌群的结构与分布，该研究从3头健康成年商品猪的6个肠段17个肠节段中通过普通培养的方法，共分离筛选出355株可培养核心菌，并进行16S rDNA全序列扩增、测序，通过Mothur软件的OTU聚类及NCBI的在线比对进行分析。结果显示，成年猪肠道中的可培养〖JP2〗核心菌群绝大部分属于Proteobacteria和Firmicutes两菌门，其中Escherichia、Bacillus、Proteus 3个菌属丰度最高，占全部检出率的80%；Escherichia coli、Bacillus amyloliquefaciens、Shigella、Bacillus和Proteus mirabilis 5个菌种是广泛分布于商品猪肠道各肠段的共有菌种。菌群的OTU聚类分析结果与NCBI在线比对结果存在明显差别，说明当前单纯的OTU聚类分析并不能〖JP〗完全取代菌群基因数据库的直接比对。

关键词：肠道菌群；成年猪；多样性分析；可培养菌；菌群结构；聚类分析

基金资助：国家自然科学基金项目（31360553）；江西省自然科学基金重点项目（20202ACBL205009）；江西省教育厅科技项目（GJJ170256）