结核分枝杆菌PE_PGRS29蛋白结构与功能的生物信息学分析

来源：家畜生态学报杂志2022年第12期北京时间：

作者：吴珊,周海金,徐广贤

单位：1. 西安市人民医院（西安市第四医院）检验科，陕西 西安 710000；2. 广东医科大学 医学技术学院医学检验系，广东 东莞 523000

摘要：为了运用生物信息学方法对结核分枝杆菌〖STBX〗Rv1468c〖STBZ〗基因编码蛋白PE_PGRS29的结构和功能进行预测分析，〖STBX〗Rv1468c〖STBZ〗基因相关信息从Genbank数据库中提取；运用ProtParam、Protscale、NetPhos、TMHMM、SOPMA、SWISSMODEL等在线软件预测分析PE_PGRS29蛋白的理化性质、亲疏水性、磷酸化位点、跨膜螺旋结构和二级结构并对其进行三级结构建模，PE_PGRS29蛋白的Ｂ细胞以及T细胞抗原表位使用BLAST、ABCpred和SYFPEITHI软件进行预测，PE_PGRS29蛋白的相互作用蛋白用STRING数据库进行分析，使用MEGAX软件对PE_PGRS29蛋白构建进化树。结果表明：PE_PGRS29蛋白含有370个氨基酸，分子式为C1375H2111N431O465S3，原子总数4 385，消光系数为9 970，280 nm处的吸光度为0.309；平均疏水性为0.199，为亲水性蛋白，第331位氨基酸亲水性得分最高为-1.533，第51位氨基酸疏水性得分最高为2.378。该蛋白性质稳定，α螺旋(Hh)、β转角 (Tt)、β折叠(Ee)和无规则卷曲(Cc)在该蛋白质二级结构中分别占21.89%、10.54%、21.89%和45.68%。综上所述，生物信息学分析PE_PGRS29蛋白为结核分枝杆菌表面稳定亲水性蛋白，与结核分枝杆菌的泛素化介导异种自噬清除密切相关。该蛋白含有多个T、B细胞抗原表位，可作为结核治疗的潜在分子靶点。

关键词：结核分枝杆菌；自噬；PE_PGRS29蛋白；生物信息学分析

基金资助：国家自然科学基金资助项目(No.81860355)