绵羊组织特异性长链非编码RNA的鉴定与功能分析

来源：家畜生态学报杂志2023年第1期北京时间：

作者：赵琛,刘晓懿,王喜宏

单位：西北农林科技大学 动物科技学院，陕西 杨凌 712100

摘要：本研究通过对绵羊不同组织的转录组分析，获得了肌肉、皮肤、脂肪组织的特异性长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)集合，预测了其上下游10 kb/100 kb区域内的蛋白编码基因，并基于皮尔森系数建立了lncRNAmRNA调控网络，同时通过AnimalQTLdb数据库对可能具有重要经济性状的lncRNA进行筛选。结果表明，共预测出36340条lncRNA，基于τ指数对其进行组织特异性筛选，鉴定到213条肌肉特异性lncRNA，467条皮肤组织特异性lncRNA，295条脂肪特异性lncRNA。这三种组织特异性lncRNA的上下游基因可能分别参与调控肌肉生长、表皮发育、脂肪合成等生物学过程。通过构建的lncRNAmRNA互作网络发现了2个重要表达模块，分别与角质化和脂肪合成相关。QTL分析表明，有14个lncRNA可能作为绵羊肌肉与脂肪相关性状的候选lncRNA。研究结果为lncRNA在绵羊育种工作中的应用提供借鉴和参考。

关键词：长链非编码RNA；组织特异性；顺式作用；反式作用；数量性状位点

基金资助：国家自然科学基金委员会, 青年科学基金项目(32002140);陕西省农业农村厅(K3031222103;K3031222078)