牛源化脓隐秘杆菌的比较基因组学分析

来源：家畜生态学报杂志2023年第6期北京时间：

作者：卢殿杰,庄科勤,张涵,徐菁岐,孟雨晴,沙万里,董文龙

单位：吉林农业科技学院 动物科技学院，吉林 吉林 132109

摘要：为了研究吉林地区不同患病部位牛源化脓隐秘杆菌(Trueperella pyogenes)耐药表型存在差异的原因，阐明化脓隐秘杆菌的遗传进化关系，将从膝关节分离得到的化脓隐秘杆菌命名为TP2，并通过PacBio RS II技术对菌株TP2的全基因组进行测序。将菌株TP2进行药敏试验并与前期研究结果进行比对，发现菌株TP1和菌株TP2的耐药表型有差异。将菌株TP2的全基因组测序结果与ARDB数据库比对，发现菌株TP2仅有1个抗生素抗性基因，而前期研究中菌株TP1有6个抗生素抗性基因。将菌株TP2与前期研究中菌株TP1的全基因组进行系统进化分析和共线性分析，发现菌株TP1和菌株TP2的亲缘性最显著。将菌株TP2与前期研究中菌株TP1的全基因组进行Ka/Ks分析，发现菌株TP1和菌株TP2存在部分基因Ka/Ks值大于1，基因受正选择。以上研究结果为化脓隐秘杆菌基因的遗传进化和耐药机制的研究提供参考，为预防和治疗化脓隐秘杆菌病提供了理论基础。

关键词：化脓隐秘杆菌；牛；全基因组测序；比较基因组学