太湖鹅消化道及鹅舍环境菌群结构分析

来源：家畜生态学报杂志2024年第6期北京时间：

作者：朱春红,刘宏祥,陶志云,宋卫涛,章双杰,徐文娟,王志成,李慧芳

单位：江苏省家禽科学研究所，江苏 扬州225125

摘要：为了分析健康鹅消化道菌群和鹅舍地表及笼具表面环境菌群组成和多样性特征，本试验以健康成年太湖鹅为研究对象，采集肌胃、腺胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠内容物，并无菌收集鹅粪便以及鹅舍环境样本，提取其细菌基因组，利用IonS5TMXL平台进行高通量测序，分析鹅消化道和鹅舍环境菌群丰度与结构特征。结果表明，鹅腺胃内容物菌群物种丰度较高，显著高于空肠、回肠、盲肠菌群（P0.05）。鹅舍环境菌群α多样性各指标中，除Simpson值显著高于回肠外（P0.05）。β多样性比较发现，鹅十二指肠、空肠和回肠内容物菌群结构较为相似，盲肠和粪便菌群遗传距离和组成距离较近，肌胃、腺胃及鹅舍环境菌群结构相似。鹅消化道各段内容物中定植了不同的绝对优势微生物物种且丰度差异较大，健康肌胃、腺胃、小肠段（十二指肠、空肠和回肠）内容物中绝对优势菌门（相对丰度大于 5.00%）为厚壁菌门（Firmicutes）、蓝细菌门（Cyanobacteria）和变形菌门（Proteobacteria），其中十二指肠中绝对优势菌门还包括弯曲菌门（Campilobacterota）；盲肠绝对优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）；而鹅舍环境中绝对优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）。相似地，优势菌属的分布也存在消化道空间差异，其中拟杆菌属（Bacteroides）是盲肠中绝对优势菌属（25.81%）。总的来说，鹅消化道段空间显著影响内容物中菌群丰度与多样性，而鹅舍环境菌群与消化道各段菌群多样性差异较小，不同消化道段内定植了不同的绝对优势微生物物种。

关键词：太湖鹅；16SrRNA测序；消化道；鹅舍环境；菌群

基金资助：江苏省种业揭榜挂帅项目（JBGS［2021］111；JBGS［2021］030）；江苏现代农业（水禽）产业技术体系（JATS［2022］404）