利用mtDNA COI、Cytb和D-loop条形码探讨地方牛的遗传多样性和系统发育关系

来源：家畜生态学报杂志2024年第8期北京时间：

作者：张晓婷,彭珍珍,郭玛丽,袁朝海,蔡亚非,张威

单位：1.南京农业大学动物科技学院，江苏 南京 210095；2.南京农业大学动物科学类国家级实验教学示范中心，江苏 南京 210095

摘要：试验在不同地区采集皖南牛、雷琼牛、那曲牦牛和海子水牛血液和毛发样本，获得基因组DNA后，通过常规PCR技术扩增mtDNA COI、Cytb和D-loop基因，借助Sanger测序获得条形码序列，对地方牛品种的遗传多样性进行探究。结果表明：4种牛的线粒体基因中，A/T含量均显著高于G/C含量，具有明显的反G偏倚，且都表现出较高的遗传多样性，其中那曲牦牛表现尤为突出。COI和Cytb蛋白密码子的使用也表现出了一定的偏好性。基于Cytb基因构建的NJ系统发育树表现最优，能够将4种牛更好的聚类，更适合本文系统发育关系的探究。

关键词：地方牛；DNA条形码；遗传多样性；系统发育

基金资助：国家重点研发计划（2018YFC1200201）;江苏省自然科学基金（BK20160722);国家自然科学基金（31701229）;中央高校基本业务费（KYZ201723、KJQN201829）