威宁牛全基因组STR的遗传多样性和群体遗传学研究

来源：家畜生态学报杂志2025年第11期北京时间：

作者：马金萍,汪鹏飞,王明进,安兴红,雷初朝,吴道义

单位：1. 贵州省毕节市农业科学院，贵州 毕节 551700；2. 西北农林科技大学 动物科技学院，陕西 杨凌 712100

摘要：研究旨在通过威宁牛全基因组STR变异来探究其遗传多样性、遗传结构和遗传分化，为威宁牛的保护和开发提供新的遗传证据。采集18个威宁牛个体的全基因组重测序数据，并结合50个来自其他参考群体家牛样本，用以进行全基因组STR扫描，并通过生物信息学的方法对其进行分析。结果表明：（1）威宁牛基因组中共鉴定出120 018个STR位点，大多数位于基因间区和内含子区，其中三核苷酸STR的AGC含量是最高的。（2）基于这些STR位点，计算得到威宁牛的期望杂合度的均值为0.298，低于东亚瘤牛群体（海南牛）的期望杂合度均值（0.335），但是高于欧洲普通牛群体（0.162）和东北亚普通牛群体（0.202）。（3）在基于STR构建的系统发育NJ树和主成分分析（PCA）中，威宁牛的位置位于普通牛群体和瘤牛群体之间。（4）基于STR的威宁牛和海南牛的群体分化分析中找到两者差异的基因，与生长发育（SOX5、CA10）、肉质（PRKG1、MAST4）、繁殖性能（KIF17、GALNT13）和环境适应性（KHDRBS2、LEF1）等有关，揭示了威宁牛在高寒山区的独特适应性。

关键词：威宁牛；STR；全基因组；遗传多样性；群体遗传学

基金资助：贵州省科技计划项目（［2021］12-03号）；农业农村部国家肉牛牦牛产业技术体系毕节试验站(CARS-37)；贵州省威宁县威宁黄牛繁育基地贵州省第七批人才基地项目（黔人领发［2020］1号）