《疾病监测杂志》发表论文赏析
作者:胡耕,姜法春,董礼艳,梅国勇,杜海军,韩俊
摘要:目的 分析山东省青岛市蜱携带的优势微生物种群差异,构建蜱微生物资源库。方法 收集2019年山东省青岛市野生刺猬携带的蜱,通过形态学和16S核糖体RNA测序对蜱进行分类,随后构建RNA文库,并使用Illumina NovaSeq6000进行PE 2×150测序。 对测序下机数据进行宏基因组分析和微生物分类学分析,并对大别班达病毒开展遗传进化分析。结果 经鉴定收集的蜱分别为褐黄血蜱(n=155)、血红扇头蜱(n=62)、中华革蜱(n=67)、长角血蜱(n=77)和铃头血蜱(n=59)。 不同蜱的细菌丰度差异性大,从样本中共鉴定出6门19目35科101种细菌。 褐黄血蜱和铃头血蜱中相对丰度最高的细菌为微球菌,丰度分别为37.9%和71.5%;血红扇头蜱、中华革蜱和长角血蜱中相对丰度最高的细菌均为假单胞菌,丰度分别为51.9%、49.6%和34.8%。 褐黄血蜱、中华革蜱和铃头血蜱病毒种群的丰度为0.28%~2.82%,血红扇头蜱病毒种群丰度为22.98%,长角血蜱病毒种群丰度为59.31%。 永嘉蜱病毒和大别山蜱病毒在5种蜱中均检出,其相对丰度分别为12.0%~51.4%和2.4%~12.2%;Nickie病毒、湖北蜱病毒3、温州蜱病毒3和黄陂蜱病毒1仅在褐黄血蜱中检出,湖北蜱样病毒15和大别班达病毒只在长角血蜱中检出。 其中大别班达病毒序列的L、M和S片段均属于C2谱系,并与从山东省大别班达病毒感染患者的血清中分离的毒株(KR 706567.1、KR 706566.1)一致性最高,S片段与从山东省莱州市大别班达病毒感染患者的血清中分离的毒株(JQ693006.1)一致性最高。结论 山东省青岛市不同蜱携带的微生物谱具有明显差异,研究结果对于构建山东省青岛市蜱微生物资源库和实施蜱传疾病的控制策略提供数据支撑。
关键词:蜱传疾病, 高通量测序, 宏基因组, 分类学